Istituito con DPR del 17/05/1996

Istituito con DPR del 17/05/1996 il parco comprende tutto il territorio del comune della Maddalena, con tutte le isole dell'Arcipelago e il mare circostante. Le strutture e le iniziative dell'area hanno sede nel centro di La Maddalena e nella località Stagnali a Caprera dove è stata avviata la realizzazione di un centro educativo ambientale. L'Ente ha avviato numerose attività d'informazione circa gli aspetti naturalistici e socioeconomici riguardanti il Parco, intraprendendo anche la formazione di guide specializzate. Tra le iniziative promozionali, vi è lo svolgimento della manifestazione nazionale "Vivere il Mare" che ogni anno coinvolge centinaia di studenti italiani ed esteri in un concorso per la realizzazione di filmati sull'ambiente marino. Tra le iniziative di tutela ambientale, sono inoltre state regolamentate le attività sia degli operatori professionali che dei turisti, precludendo l'approdo ad alcune località dell'Arcipelago per favorire il ritorno alle condizioni naturali, come il divieto di accesso alla famosa spiaggia Rosa di Budelli.
Sono sette le isole maggiori dell'area protetta, più di 45 comprendendo isolotti e scogli, con il loro centro amministrativo sull'unico centro abitato di La Maddalena. Il territorio si estende su tutte le terre emerse lungo la costa nordorientale della Sardegna fino a sud del piccolo gruppo di Mortorio, Soffi e Le Camere, di fronte al tratto meridionale della Costa Smeralda.